Século XIX · Origens
O Arraial da Confusão
O nome original do povoado guarda sua própria história: Arraial da Confusão, batizado assim por causa de uma longa disputa entre famílias pela posse das terras onde o núcleo se formou. Com o tempo, o arraial adotou o nome do santo de devoção local, São Gotardo, bispo italiano do século XI.
Em 1925, o povoado foi elevado à categoria de cidade, já como um entreposto agrícola da região do Alto Paranaíba.
Décadas de 1970-80 · A virada agrícola
Japoneses, holandeses e a agricultura do Cerrado
A transformação de São Gotardo veio com o Programa de Cooperação Nipo-Brasileira para o Desenvolvimento dos Cerrados (Prodecer), nos anos 1970 e 1980, que trouxe agricultores japoneses e holandeses para a região. A combinação de solo corrigido, clima de altitude e técnica importada fez da cidade um dos maiores polos de produção de cenoura, batata e alho do Brasil.